A ação colonizadora desenvolvida pela Companhia Melhoramentos Norte do Paraná é que deu origem ao município de Japurá, e o desbravamento da região iniciou-se em 1953. O nome da cidade é homenagem da Companhia Melhoramentos Norte do Paraná a Miguel Maria Lisboa, o Barão de Japurá. Muitos nomes ficaram gravados na memória, da epopéia do desbravamento japuraense, mas os que a história registrou foram os de G. Berbert, Irineu Batista Câmara e Hermenegildo Lanaro. Não tardou muito e foram chegando levas de migrantes italianos, espanhóis e japoneses. O patrimônio foi formado e teve rápido desenvolvimento.
Em 1955 Japurá pertencia à jurisdição do município de Cianorte, posteriormente passou a pertencer a São Tomé. Finalmente, sem chegar a ser distrito, e com território desmembrado de São Tomé, Japurá se tornou município autônomo através da Lei n.º 4.788, de 29 de novembro de 1963. O município foi oficialmente instalado com a posse do primeiro prefeito eleito, Sr. Irineu Batista Câmara, a 13 de dezembro de 1964.
O reconhecimento hidrográfico da região, principalmente o sistema hidrográfico do rio Ivaí, foi feito por expedições de Cabeza de Vaca, Sanabria e Schimidel, bem como por expedições militares espanholas e pelos Jesuítas. Historicamente, o rio Ivaí foi muitíssimo importante como fator de penetração da região.
O primeiro a reconhecer o Rio “Guibay” ou “Hubay”, o rio Ivaí, foi Ruy Dias Melgarejo, em cujas margens foram estabelecidos pontos de abastecimento, o que, finalmente, levou no ano de 1576, à fundação da Vila Rica do Espírito Santo, na margem sul do rio Ivaí, nas proximidades da foz do rio Corumbataí, área do atual município de Fênix.
Com economia forte, destacam-se as empresas Polpa Norte e Sorvete Gebon